People
Group leader
Matti Javanainen
- Assistant Professor
- Computational Physics
- Faculty of Engineering and Natural Sciences
- Tampere University
- +358504115527
- matti.javanainen@tuni.fi
About me
I am an Assistant Professor and the head of the BioInterfaces research group at the Computational Physics Laboratory. We use molecular dynamics simulations to probe the structure, energetics, and dynamics of biological interfaces composed of lipids and proteins, such as monolayers and cellular membranes. We are also involved in various flavours of model and method development.
Research topics
Biomembrane structure and dynamics, lipid monolayer structure and dynamics, pulmonary surfactant, lipid–protein interactions, force field development, simulation methodology development
Research fields
membrane biophysics, physical chemistry, computational biophysics
A comparison of lipid diffusive dynamics in monolayers and bilayers in the context of interleaflet coupling
Mandal, T., Brandt, N., Tempra, C., Javanainen, M., Fábián, B. & Chiantia, S., tammik. 2025, julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes. 1867, 1, 184388.Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Protein Crowding and Cholesterol Increase Cell Membrane Viscosity in a Temperature Dependent Manner
Fábián, B., Vattulainen, I. & Javanainen, M., 9 toukok. 2023, julkaisussa: Journal of Chemical Theory and Computation. 19, 9, s. 2630-2643 14 SivumääräTutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Martini 3: a general purpose force field for coarse-grained molecular dynamics
Souza, P. C. T., Alessandri, R., Barnoud, J., Thallmair, S., Faustino, I., Grünewald, F., Patmanidis, I., Abdizadeh, H., Bruininks, B. M. H., Wassenaar, T. A., Kroon, P. C., Melcr, J., Nieto, V., Corradi, V., Khan, H. M., Domański, J., Javanainen, M., Martinez-Seara, H., Reuter, N. & Best, R. B. & 6 muuta, Vattulainen, I., Monticelli, L., Periole, X., Tieleman, D. P., de Vries, A. H. & Marrink, S. J., huhtik. 2021, julkaisussa: Nature Methods. 18, 4, s. 382-388 7 SivumääräTutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Pulmonary Surfactant Lipid Reorganization Induced by the Adsorption of the Oligomeric Surfactant Protein B Complex
Liekkinen, J., Enkavi, G., Javanainen, M., Olmeda, B., Pérez-Gil, J. & Vattulainen, I., 2020, julkaisussa: JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY. 432, 10, s. 3251-3268 18 SivumääräTutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Rotational Diffusion of Membrane Proteins in Crowded Membranes
Javanainen, M., Ollila, O. H. S. & Martinez-Seara, H., 16 huhtik. 2020, julkaisussa: Journal of Physical Chemistry B. 124, 15, s. 2994-3001 8 SivumääräTutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Understanding the Functional Properties of Lipid Heterogeneity in Pulmonary Surfactant Monolayers at the Atomistic Level
Liekkinen, J., de Santos Moreno, B., Paananen, R. O., Vattulainen, I., Monticelli, L., Bernardino de la Serna, J. & Javanainen, M., 16 marrask. 2020, julkaisussa: Frontiers in cell and developmental biology. 8, 16 Sivumäärä, 581016.Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Crystalline Wax Esters Regulate the Evaporation Resistance of Tear Film Lipid Layers Associated with Dry Eye Syndrome
Paananen, R. O., Javanainen, M., Holopainen, J. M. & Vattulainen, I., 25 kesäk. 2019, julkaisussa: Journal of Physical Chemistry Letters. 10, 14, s. 3893-3898 6 SivumääräTutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Multiscale Simulations of Biological Membranes: The Challenge To Understand Biological Phenomena in a Living Substance
Enkavi, G., Javanainen, M., Kulig, W., Róg, T. & Vattulainen, I., 8 toukok. 2019, julkaisussa: Chemical Reviews. 119, 9, s. 5607-5774 168 SivumääräTutkimustuotos: Katsausartikkeli › vertaisarvioitu
Reduced level of docosahexaenoic acid shifts GPCR neuroreceptors to less ordered membrane regions
Javanainen, M., Enkavi, G., Guixà-Gonzaléz, R., Kulig, W., Martinez-Seara, H., Levental, I. & Vattulainen, I., 1 toukok. 2019, julkaisussa: PLoS Computational Biology. 15, 5, e1007033.Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
The Devil Is in the Details: What Do We Really Track in Single-Particle Tracking Experiments of Diffusion in Biological Membranes?
Gurtovenko, A. A., Javanainen, M., Lolicato, F. & Vattulainen, I., 7 maalisk. 2019, julkaisussa: Journal of Physical Chemistry Letters. 10, 5, s. 1005-1011 7 SivumääräTutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Group members
Maisa Vuorte
- Postdoctoral Research Fellow
- Faculty of Engineering and Natural Sciences
- Tampere University
- maisa.vuorte@tuni.fi